Okulumuz ilköğretim olarak, İlköğretim Genel Müdürlüğünün 06.06.1988 tarih ve 17567 sayılı onayı ile 1988-1989 Eğitim Öğretim yılı başı 19 Eylül 1988 günü Milli Eğitim Bakanlığınca yaptırılan yeni binada ilk defa olarak Eğitim Öğretime başlamıştır. Okulumuz ilk açıldığı zaman Merkez İlköğretim olan adı, Sinop Milli Eğitim Müdürlüğünün EÖHŞ.310/13992 sayı ve 06.10.1988 tarihli olurları ile Devletimizin kurucusu eşsiz insan Baş Öğretmenimiz Atatürk'ün adı verilerek MERKEZ ATATÜRK İLKÖĞRETİM OKULU olarak değiştirilmiştir.

Ada mahallesinde bulunan okul binamız İlköğretim Genel Müdürlüğü'nün B.08.0.İGM.0.08.02.01-702.1/3971 sayılı ve 12.04.2002 tarihli olurları ile Sinop Meslek Yüksek Okuluna geçici olarak tahsis edilmiştir.

İl Milli Eğitim Müdürlüğü'nün 320/17156 sayılı 07.09.2002 tarihli olurları ile 12 derslikli Ticaret Lisesinde, Güzel Sanatlar Lisesinden boşalan yerde ikili öğretime başlamıştır.

 Okul binamızın inşaatına 05.09.2000 tarihinde başlanmış olup 12.02.2003 tarihinde tamamlanarak okulumuz 2002-2003 Eğitim Öğretim yılının ikinci yarısında Aşiyan mevkiinde yapılan okulda geçici olarak hizmete girmiştir Okulumuz Müfredat Laboratuar Okulu olarak yapılmış olup 2003-2004 Eğitim Öğretim yılından itibaren de aynı binada eğitim öğretime devam edilmektedir. 2015 yılına kadar İlkokul ve ortaokul olmak üzere tek bina altında eğitim öğretime devam edilmiş, 2015 yılında ilkokul kısmından ayrılarak bağımsız bir şekilde ŞEHİT HALİL ÖZDOĞRU ORTAOKULU adını alarak 2016 yılında Sinop Şehit Halil Özdoğru Anadolu Lisesi ile aynı binada bir yıl geçirdikten sonra Anadolu Lisesinin kapatılmasıyla 2016 yılından itibaren aynı binada eğitim öğretime devam edilmektedir. 

Okulumuz eğitim - öğretim faaliyetlerine başladığı ilk günden bu yana çağdaş eğitim- öğretim gerekleri; uygun fiziksel mekânların temini, eğitim - öğretim araç ve gereçlerinin sağlanması, eğitim - öğretim ve yönetim süreç standartlarının belirlenmesi, hem akademik hem de sportif faaliyetlerde göstermiş olduğu başarılar ile birlikte örnek teşkil etme yolunda güzel adımlar atmaktadır

2023 -2024 Eğitim Öğretim yılı itibarıyla 52 öğretmen ve 799 öğrenci ile eğitim öğretime devam edilmektedir.